O programa de Fisiologia da Produção busca inovações no sistema de plantio e manejo para a cultura dos citros, considerando eficiência de uso de nutrientes, controle sustentável de pragas, doenças e plantas daninhas, contribuindo para práticas sustentáveis na citricultura. As principais linhas de pesquisa do programa são: sistema produção, cultivo protegido, propagação, nutrição e doenças, nutrição mineral e qualidade de frutas, e estresses abióticos e mudanças climáticas. As pesquisas inseridas no programa são realizadas tanto em condições de campo em fazendas comerciais, quanto em casa de vegetação ou laboratório e esses projetos são financiados por instituições públicas de apoio à pesquisa (como FAPESP, CNPq e FINEP), bem como por empresas privadas.